Luigi Ricciardi 1 , Rosa Mazzeo 2,*©, Angelo Raffaele Marcotrigiano 1 , Guglielmo Rainaldi 3 , Paolo Iovieno 4 , Vito Zonno 1 , Stefano Pavan 1© dhe Concetta Lotti 2,*
- 1 Departamenti i Shkencave të Tokës, Bimëve dhe Ushqimit, Njësia e Gjenetikës dhe Mbarështimit të Bimëve Universiteti i Barit, Via Amendola 165/A, 70125 Bari, Itali; luigi.ricciardi@uniba.it (LR);angelo.marcotrigiano@uniba.it (ARM); vito.zonno@uniba.it (VZ); stefano.pavan@uniba.it (PS)
- 2 Departamenti i Shkencave të Bujqësisë, Ushqimit dhe Mjedisit, Universiteti i Foggia, Via Napoli 25, 71122 Foggia, Itali
- 3 Departamenti i Bioshkencave, Bioteknologjive dhe Biofarmaceutikës, Universiteti i Barit, Via Orabona 4, 70125 Bari, Itali; guglielmo.rainaldi@uniba.it
- 4 Departamenti i Teknologjive të Energjisë, Divizioni i Bioenergjisë, Biorefinerisë dhe Kimisë së Gjelbër, Qendra Kërkimore ENEA Trisaia, SS 106 Ionica, km 419+500, 75026 Rotondella (MT), Itali; paolo.iovieno@enea.it
* korrespondenca: rosa.mazzeo@unifg.it (RM); concetta.lotti@unifg.it (CL)
Abstract:
Qepë (Allium cepa L.) është kultura e dytë më e rëndësishme e perimeve në mbarë botën dhe vlerësohet gjerësisht për përfitimet e saj shëndetësore. Megjithë rëndësinë e saj të rëndësishme ekonomike dhe vlerën e saj si ushqim funksional, qepa është studiuar dobët në lidhje me diversitetin e saj gjenetik. Këtu, ne hulumtuam variacionin gjenetik në "qepën e kuqe Acquaviva" (ARO), një racë toke me një histori shekullore kultivimi në një qytet të vogël në provincën e Barit (Pulia, në jug të Italisë). Një grup prej 11 shënuesish mikrosatelitorë u përdorën për të eksploruar variacionin gjenetik në një koleksion germplazmë të përbërë nga 13 popullata ARO dhe tre lloje të zakonshme komerciale. Analizat e strukturës gjenetike me metoda parametrike dhe joparametrike nxorën në pah se ARO përfaqëson një pishinë gjenesh të mirëpërcaktuar, qartësisht të dallueshme nga tokat Tropea dhe Montoro me të cilat shpesh gabohet. Për të dhënë një përshkrim të llambave, të përdorura zakonisht për konsum të freskët, u vlerësuan përmbajtja e ngurtë e tretshme dhe mprehtësia, duke treguar ëmbëlsi më të lartë në ARO në lidhje me dy racat e përmendura më sipër. Në përgjithësi, studimi aktual është i dobishëm për valorizimin e ardhshëm të ARO-së, e cila mund të promovohet përmes etiketave cilësore të cilat mund të kontribuojnë në kufizimin e mashtrimeve tregtare dhe përmirësimin e të ardhurave të pronarëve të vegjël.
Prezantimi
Gjinia Allium përfshin rreth 750 lloje [1], ndër të cilat qepa (Allium cepa L., 2n = 2x =16) është një nga më të përhapurat. A. cepa ka një cikël dyvjeçar dhe sjellje riprodhuese të jashtme. Në ditët e sotme, prodhimi global i qepës (97.9 Mt) e bën atë kulturën e dytë më të rëndësishme të perimeve pas domateve [2]. Që nga kohërat e lashta, llamba qepë janë përdorur si ushqim ashtu edhe në përdorime medicinale popullore. Në të vërtetë, egjiptianët e lashtë raportuan tashmë disa formula terapeutike të bazuara në përdorimin e hudhrës dhe qepëve në një papirus mjekësor të vitit 1550 pes, Codex Ebers [3].
Kjo perime e gjithanshme dhe e shëndetshme konsumohet e papërpunuar, e freskët ose si produkt i përpunuar dhe përdoret për të përmirësuar shijen e shumë pjatave. Disa studime të fundit pohojnë se konsumimi i qepës mund të zvogëlojë rrezikun e sëmundjeve kardiovaskulare [4,5], obezitetit [6], diabetit [7] dhe formave të ndryshme të kancerit [8-10]. Vetitë shëndetësore të qepës shpesh i atribuohen niveleve të larta të dy klasave të komponimeve nutraceutike: flavonoideve dhe sulfooksideve të cisteinës alk(en)yl (ACSOs). Klasa e parë përfshin flavonolet dhe antocianinet. Quercetin është flavonoli kryesor i dallueshëm, i njohur për vetitë e tij të forta antioksiduese dhe anti-inflamatore në pastrimin e radikalëve të lirë dhe lidhjen e joneve të metaleve në tranzicion. [11]; ndërsa antocianinet u japin ngjyrë të kuqe/vjollcë disa varieteteve të qepëve. Sa i përket ACSO-ve, më e përhapura është izoaliina [(+)-trans-S-1-propenil-L-cisteinë sulfoksid] [12], një aminoacid squfuri jo i paqëndrueshëm dhe joproteinogjen i ruajtur në qeliza, i cili është përgjegjës indirekt për aromën dhe shijen e mprehtë të qepëve [13]. Pas ndërprerjes së indeve, izoaliina copëtohet nga enzima alliinase për të prodhuar një sërë përbërjesh të paqëndrueshme (piruvat, amoniak, tiosulfonate dhe oksid propanetial S) të cilat shkaktojnë grisje dhe shkaktojnë erë të pakëndshme (athtësi). [14]. Ashpërsia e qepës matet shpesh si sasia, për gram peshë e freskët, e acidit piruvik të krijuar nga hidroliza [15,16].
Në vendet e pellgut të Mesdheut, i propozuar si një nga qendrat dytësore të diversitetit të A. cepa [17,18], llamba qepë shfaqin një ndryshueshmëri të gjerë në formë, madhësi, ngjyrë, lëndë të thatë dhe ashpërsi [19-22]. Për më tepër, plehërimi me bazë squfuri, praktikat agronomike, lloji i tokës, kushtet klimatike dhe gjenotipi i kultivarëve ose racave të tokës mund të ndikojnë në cilësinë e llambave duke dhënë vlera të veçanta organoleptike dhe ushqyese. [23-27]. Në Itali, megjithë disponueshmërinë e gjerë të mikroplazmës së qepës, vetëm disa varietete qepësh shpesh i nënshtrohen studimeve shkencore dhe karakterizohen siç duhet. [28,29].
Karakterizimi i plotë gjenetik dhe fenotipik i agrobiodiversitetit është thelbësor për të siguruar ruajtjen e duhur të burimeve gjenetike të bimëve dhe për të nxitur përdorimin e gjenotipeve specifike në zinxhirin e vlerës [30-32]. Shenjuesit e thjeshtë të përsëritjes së sekuencës (SSR) janë zgjedhur shpesh për hartografi [33-35], Gjurmët e ADN-së dhe diskriminimi i kultivarëve [36-38], dhe një vlerësim i besueshëm i ndryshueshmërisë gjenetike brenda dhe midis racave tokësore [39-42], meqenëse ato janë specifike për vendndodhjen, shumë-alelike, të trashëguara bashkëdominuese, shumë të riprodhueshme dhe të përshtatshme për gjenotipizimin e automatizuar.
Në studimin aktual, ne fokusuam vëmendjen tonë në një racë tradicionale puliane, "qepën e kuqe Acquaviva" (ARO), e cila kultivohet sipas metodave të bujqësisë organike në një zonë të vogël të qytetit Acquaviva delle Fonti, në provincën e Barit. (Puglia, Italia Jugore). Llambat e kësaj race janë të mëdha, të rrafshuara dhe me ngjyrë të kuqe dhe përdoren kryesisht në recetat lokale. Megjithëse ARO fitoi markën e cilësisë "Slow Food Presidium", prodhimi i saj mund të promovohet dhe mbrohet më tej nga shenjat e cilësisë së Bashkimit Evropian, si treguesi gjeografik i mbrojtur (PGI) dhe emërtimi i mbrojtur i origjinës (POD), pasi këto mund të kontribuojnë në kufizimin e mashtrimet tregtare dhe përmirësimin e të ardhurave të pronarëve të vegjël. Këtu, shënuesit molekularë SSR u përdorën si mjete të fuqishme për të vlerësuar variacionin gjenetik midis popullatave ARO dhe për të diskriminuar këtë racë tokësore nga dy racat e tjera të qepës së kuqe të Italisë Jugore. Për më tepër, ne vlerësuam mprehtësinë dhe përmbajtjen e ngurtë të tretshëm për të vlerësuar shijen ARO në lidhje me kërkesën e tregut.
Rezultatet
Krijimi i Koleksionit të Germplazmës së Qepës së Kuqe Acquaviva dhe Karakterizimi Morfologjik
Farat e 13 popullatave të racës tokësore ARO, të dhuruara nga fermerët në kuadrin e projektit BiodiverSO Rajoni i Pulias u përdorën për të krijuar një koleksion germplazme ARO.
Përshkruesit morfologjikë, të lidhur me llambën, lëkurën dhe mishin u mblodhën në mikroplazmën ARO dhe në tre toka të qepëve, dy që i përkasin racës vendase "Tropea e kuqe qepë" (TRO) dhe një racës "qepë të bakrit Montoro" (MCO) (Figura 1). Të gjitha llambat ARO ishin të sheshta dhe karakterizoheshin nga lëkura dhe mishi i jashtëm i kuq me nuanca të ndryshme të kuqes. Në të kundërt, mishi i llambave TRO ishte plotësisht i kuq, ndërsa mishi i llambave MCO ishte i pigmentuar dobët (Tabela S1). Analiza biokimike lejoi të vlerësonte përmbajtjen e tretshme të ngurtë dhe mprehtësinë. Siç raportohet në tabelë 1, vlerat mesatare të përmbajtjes së ngurtë të tretshëm të llambave në popullatat ARO ishin 7.60 dhe varionin nga 6.00 (ARO12) në 9.50° Brix (ARO11 dhe ARO13). Kjo vlerë ishte më e lartë se ajo e vlerësuar për zonat tokësore TRO dhe MCO (përkatësisht 4.25 dhe 6.00° Brix).
Tabela 1. Përmbajtja e ngurtë e tretshme dhe vlerat e mprehta të vlerësuara në popullatat "Acquaviva Red Onion" (ARO), "Tropea Red Onion" (TRO) dhe "Montoro Copper Onion" (MCO) *.
KODI | Përmbajtja e ngurtë e tretshme (Brix) | Ashpërsia (pmyk-1 FW) | ||
do të thotë | CV y (%) | do të thotë | CV y (%) | |
ARO1 | 6.25 D * | 5.65 | 5.84 ab * | 23.78 |
ARO2 | 7.25 DC | 4.87 | 6.51 një | 22.98 |
ARO3 | 7.50 BCD | 9.42 | 5.28 pop | 22.88 |
ARO4 | 7.50 BCD | 0.00 | 6.97 një | 3.74 |
ARO 5 | 7.50 BCD | 0.00 | 6.80 një | 9.68 |
ARO6 | 6.25 D | 5.65 | 4.51 pop | 39.18 |
ARO7 | 7.25 DC | 4.87 | 5.25 pop | 15.44 |
ARO8 | 9.00 AB | 0.00 | 7.04 një | 3.49 |
ARO9 | 8.25 ABC | 4.28 | 6.84 një | 0.15 |
ARO10 | 7.00 DC | 0.00 | 5.94 pop | 6.57 |
ARO11 | 9.50 | 7.44 | 5.54 pop | 16.43 |
ARO12 | 6.00 D | 0.00 | 4.91 pop | 9.70 |
ARO13 | 9.50 | 7.44 | 6.63 një | 24.93 |
ZKK-ja | 6.00 D | 0.00 | 4.18 pop | 2.66 |
TRO1 | 4.25 E | 8.31 | 2.80 b | 2.10 |
TRO2 | 4.25 E | 8.31 | 4.28 pop | 4.79 |
* Mjetet me të njëjtat shkronja me shkronja të mëdha ose të vogla nuk janë statistikisht të ndryshme në 0.01P ose 0.05P, respektivisht (SNK's Test). y Koeficienti i variacionit.
Vlera mesatare e mprehtësisë ARO, e vlerësuar me përmbajtjen e acidit piruvik, ishte 6.00, varionte nga 4.51 pmol g-1 FW (ARO6) në 7.04 (ARO8). Kjo vlerë ishte më e lartë se ajo e vlerësuar në tokat TRO dhe MCO (3.54 pmol g-1 FW dhe 4.18 pmol g-1 FW, përkatësisht).
Polimorfizmi i SSR dhe Marrëdhëniet Gjenetike ndërmjet aderimeve
Në studimin aktual, 11 nga 37 kombinimet e testuara të primerit SSR siguruan polimorfizma me një vend, dmth., duke dhënë më së shumti dy produkte amplifikimi në një individ të vetëm. Në përgjithësi, 55 alele u zbuluan në 320 individë me një numër alelesh për lokus që varion nga 2 (ACM147 dhe ACM 504) në 11 (ACM132) dhe një vlerë mesatare prej 5 alele (Tabela 2). Në popullatat individuale, numri i aleleve (Na) varionte nga 1.94 (ACM147 dhe ACM504) në 5.38 (ACM132), ndërsa numri efektiv i aleleve (Ne) varionte nga 1.41 (ACM152) në 2.82 (ACM449). Mospërputhjet midis vlerave të Na dhe Ne ishte për shkak të pranisë së aleleve me frekuencë të ulët në popullata dhe mbizotërimit të vetëm disa aleleve. Vlera më e lartë e heterozigozitetit (Ho) e vëzhguar u theksua për ACM138 dhe ACM449 (0.62), ndërsa ajo më e ulëta u shoqërua me ACM152 (0.25). Heterozigoziteti i pritshëm (He), i cili korrespondon me pritjet teorike në një popullatë panmiktike, varionte nga 0.37 (ACM504) në 0.61 (ACM132, ACM138 dhe ACM449). Indeksi i fiksimit të Wright (Fis), shfaqi vlera afër zeros (mesatarisht 0.05) për të gjithë shënuesit, duke treguar vlera të ngjashme midis niveleve të heterozigozitetit të vëzhguar dhe të pritshëm, siç pritej për një specie të kryqëzuar. Efikasiteti i shënuesit individual SSR në gjurmët gjenetike të gishtërinjve u vlerësua nga indeksi i përmbajtjes së informacionit polimorfik (PIC), me një vlerë mesatare prej 0.48 dhe varionte nga 0.33 (ACM504) në 0.67 (ACM132). Një indeks tjetër i efikasitetit, Indeksi i Informacionit të Shannon (I) shfaqi një vlerë mesatare prej 0.84 dhe vlerat e supozuara varionin nga 0.45 (ACM152) në 1.20 (ACM132).
Tabela 2. Karakteristikat e polimorfizmit të 11 shënuesve SSR të përdorura për të vlerësuar diversitetin gjenetik në popullatat ARO, TRO dhe MCO. Numri i përgjithshëm i aleleve (Na), diapazoni i madhësisë së brezit dhe indeksi i përmbajtjes së informacionit polimorfik (PIC) Referojuni grupit të përgjithshëm prej 320 individësh të gjenotipizuar në këtë studim. Numri i Aleleve (Na), numri i Aleleve Efektive (Ne), Heterozigoziteti i Vrojtuar (Ho), Heterozigoziteti i pritur (He), Indeksi i Fiksimit (Fis), dhe Indeksi i Informacionit të Shannon (I) i referohen vlerave mesatare të llogaritura nga 16 popullata, secila e përbërë nga 20 individë.
Locus. | Na totali | Gama e madhësisë (bp) | PIC | do të thotë | |||||
Na | Ne | Ho | He | I | Fis | ||||
ACM91 | 4 | 189-205 | 0.40 | 2.63 | 1.72 | 0.38 | 0.39 | 0.66 | 0.04 |
ACM101 | 4 | 229-241 | 0.52 | 2.94 | 2.37 | 0.53 | 0.56 | 0.92 | 0.06 |
ACM132 | 11 | 186-248 | 0.67 | 5.38 | 2.78 | 0.55 | 0.61 | 1.20 | 0.09 |
ACM138 | 5 | 242-272 | 0.66 | 3.69 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.09 | -0.02 |
ACM147 | 2 | 264-266 | 0.37 | 1.94 | 1.83 | 0.44 | 0.44 | 0.62 | -0.01 |
ACM152 | 4 | 228-244 | 0.25 | 2.38 | 1.41 | 0.25 | 0.27 | 0.45 | 0.07 |
ACM235 | 4 | 286-298 | 0.41 | 2.81 | 1.77 | 0.44 | 0.41 | 0.72 | -0.06 |
ACM446 | 6 | 108-120 | 0.56 | 3.50 | 2.48 | 0.49 | 0.58 | 1.01 | 0.16 |
ACM449 | 8 | 120-140 | 0.66 | 4.88 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.18 | -0.03 |
ACM463 | 5 | 202-210 | 0.47 | 3.38 | 1.95 | 0.46 | 0.48 | 0.83 | 0.05 |
ACM504 | 2 | 188-192 | 0.33 | 1.94 | 1.64 | 0.30 | 0.37 | 0.54 | 0.20 |
do të thotë | 5 | 0.48 | 3.22 | 2.15 | 0.46 | 0.48 | 0.84 | 0.05 |
Midis popullatave, ARO3, ARO6, ARO8, ARO10, TRO1 dhe MCO shfaqën nivel të lartë të variacionit gjenetik (Ho > 0.5), ndërsa diversiteti më i ulët u vu re në popullatën ARO7 (Ho = 0.27) (Tabela Suplementare S2). Në përgjithësi, të gjitha aderimet shfaqën Fis vlera afër zeros (Fis vlera mesatare = 0.054), siç pritej në kushtet e çiftëzimit të rastësishëm.
Analiza e Variancës Molekulare dhe Strukturës Gjenetike
Ndarja hierarkike e variacionit gjenetik midis dhe brenda popullatave u llogarit nga AMOVA. Rezultatet theksuan një pjesë të konsiderueshme të variacionit gjenetik brenda popullatave (87%). Variacioni midis popullatave, 13%, ishte shumë i rëndësishëm (P < 0.001) (Tabela 3). Vlerat në çift të parametrit Fpt, një analog i indeksit të fiksimit Fst të Wright, që variojnë nga 0.002 (ARO2/ARO10) në 0.468 (ARO7/TRO2), ishin domethënëse (P < 0.05), me përjashtim të nëntë krahasimeve në çift (Tabela Suplementare S3).
Tabela 3. Analiza e variancës molekulare të 320 gjenotipeve nga 16 popullata të allium cepa L.
Burim | df | Shuma e shesheve | Vlerësimi i variancës | Varianca (%) | Fpt | P |
Midis popullatave | 15 | 458.63 | 1.16 | 13% | ||
Brenda popullatave | 304 | 2272.99 | 7.50 | 87% | 0.134 | 0.001 |
Total | 319 | 2731.62 | 8.66 |
Hulumtimi i strukturës gjenetike në A. cepa koleksioni i gjenotipizuar në këtë studim u krye me anë të analizës së grupimit të bazuar në modelin e përzierjes të zbatuar në softuerin STRUCTURE. Metoda Evanno AK sugjeroi nënndarjen në dy grupe (K = 2) si më informuese për databaza,me the tjetër pe më e lartëak në K = 5 (suplementaiv Rgure S1). Një për K = 2, ahpopulacionet were bythëigned te ondhef dy grupimet me një koeficient rnernbertoip (q) > 0.7. Si shown brenda Figura 2a, grupi i parë (i quajtur S1) përfshinte MCO dhe të gjitha popullatat ARO, ndërsa grupi S2 grupoi dy popullatat TRO. Në K = 5, duke ofruar një përshkrim më të thellë të të dhënave (Figura 2b), 75% e aderimeve u caktuan në një nga pesë grupimet. Ndarja midis ARO (S1) dhe TRO (S2) u konfirmua, megjithëse disa popullata ARO u përzien (q <0.7) ose u grupuan veçmas në dy grupimet e reja S3 dhe S4 (ARO7 dhe ARO12, respektivisht). Është interesante se lloji komercial MCO formoi një grup të veçantë (S5) të ndarë nga qepa e kuqe puliane.
Marrëdhëniet gjenetike ndërmjet popullsive
Polimorfizmi SSR lejoi të vizatonte një dendrogram të diversitetit gjenetik dhe rezultatet e analizës filogjenetike tregohen në figurë. 3a. Këtu, koleksioni i germplazmës u nda në pesë grupe të mbështetura fuqishëm nga vlerat e bootstrap. Popullatat ARO7 dhe ARO12 u ndanë menjëherë nga popullatat e mbetura dhe formuan dy grupime të dallueshme. Grupi i tretë përfshinte dy popullatat komerciale të TRO, ndërkohë që nyja e katërt ndante MCO nga njëmbëdhjetë popullata ARO. Marrëdhënia gjenetike që ndodh midis popullatave u hetua më tej me anë të analizës së koordinatave kryesore (PCoA) (Figura 3b). Siç u theksua më parë, popullatat ARO u grupuan ngushtë, me përjashtim të ARO12 dhe ARO7, të cilat u shfaqën në pozicione të izoluara në parcelën PcoA. Dy TRO-të dhe popullatat MCO ishin të shpërndara në panelin e poshtëm djathtas të parcelës.
Figura 3. Diversiteti gjenetik midis 16 A. cepa popullatat e karakterizuara në këtë studim, bazuar në profilin e tyre të SSR. (a) Dendrogrami UPGMA i distancës gjenetike. Vlerat mbështetëse të bootstrap >50 tregohen mbi nyjet përkatëse; (b) analiza e komponentit kryesor (PCoA). Grupi i rrethuar me të kuqe përputhet plotësisht me grupin e krijuar nga analiza filogjenetike dhe përbëhet nga 11 aderime ARO.
Diskutim
Brenda sasisë së madhe të agrobiodiversitetit të kultivuar tradicionalisht në Italinë Jugore, racat e qepëve përfaqësojnë produkte të veçanta që duhet të ruhen nga rreziku i erozionit gjenetik dhe kërcënimi i zëvendësimit nga kultivarët modernë. Në kuadrin e projektit rajonal BiodiverSO, që synon mbledhjen, karakterizimin, promovimin dhe mbrojtjen e burimeve gjenetike të rajonit të Pulias të lidhura fort me trashëgiminë lokale, ne krijuam një koleksion farërash prej 13 popullatash të racës tokësore ARO. Ne raportuam vlerësimin e parë të variacionit të ARO përsa i përket polimorfizmave të ADN-së dhe dy parametrave biokimikë, përmbajtjes së acidit të ngurtë të tretshëm dhe piruvik, të lidhura me tiparet e shijes dhe me rëndësi për pranimin e produkteve të freskëta të papjekura. Përveç kësaj, të dhënat për racën tokësore ARO u krahasuan me ato të mbledhura në dy raca të tjera të pigmentuara të qepëve me të cilat shpesh gabohej.
Analizat biokimike nxorën në pah ëmbëlsinë e 13 popullatave ARO, të lidhura me përmbajtjen e lartë të ngurtë të tretshëm dhe ashpërsinë mesatare, sipas udhëzimeve të industrisë së qepës së ëmbël. [31]. Llambat ARO ishin më të ëmbla se ato të racave tokësore TRO dhe MCO dhe shfaqnin një ashpërsi pak më të lartë. Megjithatë, ëmbëlsia në qepë është për shkak të një ekuilibri midis përmbajtjes së sheqerit dhe mprehtësisë, prandaj ky karakterizim mund të jetë i dobishëm për të mbështetur përzgjedhjen e gjenotipeve me vlerë, që zakonisht kryhet nga fermerët vetëm në bazë të morfologjisë.
Shënuesit SSR u konfirmuan se ishin një mjet i dobishëm për të diskriminuar gjenotipet, megjithëse të mbledhura brenda një zone të ngushtë rritjeje siç është qyteti i Acquaviva delle Fonti. Shënuesit e përzgjedhur shfaqën numër më të madh të aleleve sesa shënuesit e raportuar më parë [43] [44], por më e ulët se shënuesit e raportuar nga [45]. Për më tepër, 50% e grupit tonë të shënuesve treguan vlera të indeksit PIC më të mëdha se 0.5, duke u dëshmuar të jenë të përshtatshme për të diskriminuar popullatat në koleksion, siç sugjerohet nga [46]. Vlerësimi i diversitetit brenda popullatave zbuloi vlera të ngjashme midis Ho dhe He, duke rezultuar në Fi të ulëts vlerat. Kjo është në përputhje me natyrën e jashtme të A. cepa, e cila vuan seriozisht nga depresioni inbreeding [47]. Fi i përgjithshëms vlera e llogaritur në popullatat e qepëve të konsideruara në këtë studim (0.054) ishte më e ulët se ajo e raportuar më parë nga [45] (0.22) dhe pothuajse identike me atë të gjetur nga [31] (0.08) dhe [48] (0.00) të cilët vlerësuan diversitetin gjenetik në racat tokësore të qepëve nga Spanja veriperëndimore dhe Nigeri, respektivisht. Nivele të dukshme të heterozigozitetit në popullatat ARO përforcojnë idenë se Pulia përfaqëson një qendër diversiteti për shumë specie kopshtare [32, 42, 49-51].
AMOVA theksoi se shumica e variacioneve molekulare në koleksionin e gjenotipizuar në këtë studim qëndron brenda popullatave. Sidoqoftë, diferencimi gjenetik i rëndësishëm midis popullatave (FPT vlerat) zbuluan shfaqjen e shtresimit gjenetik. Në fakt, megjithëse rezultatet tona treguan praninë e uniformitetit gjenetik në shumicën e popullatave ARO, duke formuar një grup të mirëpërcaktuar, popullatat ARO7 dhe ARO12 shfaqën një profil gjenetik qartësisht të dallueshëm. Ky rezultat mund të jetë për shkak të origjinës së ndryshme të farave të përdorura nga dy fermerët nga të cilët u mblodhën popullatat. Për më tepër, bazuar në rezultatet e marra, raca tokësore ARO mund të konsiderohet qartësisht e dallueshme në nivel gjenetik nga racat tokësore TRO dhe MCO. Në një studim të fundit, [29] vlerësoi diversitetin gjenetik të disa racave të qepëve italiane, duke përfshirë "Acquaviva", "Tropea" dhe "Montoro". Megjithëse autorët përdorën shënuesit SNP për të vlerësuar diversitetin gjenetik të një koleksioni më të gjerë qepësh, gjenotipizimi nuk ishte në gjendje të diskriminonte "Acquaviva" nga qepët "Tropea" dhe "Montoro". Ndoshta, kjo mospërputhje është për shkak të vlerës mesatare të ulët të PIC të gjetur (0.292), duke sugjeruar një informativitet modest të përgjithshëm të lokacioneve në analizë, siç pretendohet nga [29]. Për më tepër, për të hetuar praninë e nënstrukturës në grupimin e tyre italian, do të ishte më mirë të analizoheshin gjenotipet italiane veçmas nga pjesa tjetër e koleksionit. Ndoshta do të kishte lejuar vizualizimin e modelit të diversitetit gjenetik të lidhur me shtresimin gjeografik ose tiparet nën përzgjedhjen empirike.
Si përfundim, studimi aktual paraqet një raport gjithëpërfshirës mbi një racë toke qepësh të lidhur me trashëgiminë kulturore lokale dhe me rëndësi ekonomike për fermerët. Rezultatet tona theksojnë se, me disa përjashtime, ARO karakterizohet nga një grup gjenesh të mirëpërcaktuar, i cili meriton të ruhet nga rreziku i erozionit gjenetik. Prandaj, krijimi i një koleksioni përfaqësues të këtij burimi të vlefshëm të diversitetit gjenetik ka qenë vendimtar. Së fundi, karakterizimi gjenetik dhe fenotipik i ARO mund të jetë i dobishëm për të marrë shenjat e cilësisë nga Bashkimi Evropian.
Materialet dhe Metodat
Mbledhja e mikroplazmës, materiali bimor dhe nxjerrja e ADN-së
Një grup prej 13 popullatash të racës ARO u blenë në kuadër të një projekti të Rajonit të Pulias (BiodiverSO: https://www.biodiversitapuglia.it/), përmes një sërë misionesh të kryera në “Acquaviva delle Fonti”, një qytet i vogël pulian në provincën e Barit, Itali. Vendet e grumbullimit të secilit aderim u hartuan përmes Sistemit të Informacionit Gjeografik (GIS) dhe u raportuan në Tabelën 4. Përveç kësaj, dy popullata nga raca tokësore TRO dhe një popullatë nga raca tokësore MCO u përfshinë në studimin aktual dhe u përdorën si referencë. I gjithë materiali bimor u rrit në të njëjtat kushte mjedisore në fermën eksperimentale “P Martucci” të Universitetit të Barit (41° 1'22.08″ N, 16°54'25.95″ L), nën kafaz mbrojtës për të shmangur pllenimin e kryqëzuar midis popullatat dhe sigurimi i pllenimit brenda popullatës me anë të mizave (Lucilia Cezar). Të 16 popullatat u karakterizuan për tipare që lidhen me madhësinë dhe formën e llambës dhe ngjyrën e lëkurës dhe mishit (Tabela S1). Përveç kësaj, analiza e përmbajtjes së ngurtë të tretshme u krye duke përdorur një refraktometër të mbajtur me dorë dhe mprehtësia u mat në mostrat e lëngut të qepës duke shtuar 2,4-dinitrofenil hydrazine (0.125% v/v në 2N të HCl) dhe duke vlerësuar thithjen në 420 nm, siç raportohet nga [31]. Testi me rreze të shumëfishta të Duncan-it dhe testi SNK u kryen për të përcaktuar praninë e dallimeve domethënëse.
Tabela 4. Lista e popullsive të mbledhura dhe të gjenotipizuara në këtë studim. Për secilën popullatë, raportohet kodi i identifikimit, emri lokal, koordinata GPS dhe banka e gjeneve që ruan farat.
kod | Emër | Koordinatat GPS | Banka e Gjeneve y |
ARO1 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’21.708″ N 16°49’1.631” E | Di.SSPA |
ARO2 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’14.28″ N 16°48’56.879” E | Di.SSPA |
ARO3 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’11.304″ N 16°49’13.079” E | Di.SSPA |
ARO4 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’3.348″ N 16°40’27.011” E | Di.SSPA |
ARO5 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°51’59.76″ N 16°53’0.527” E | Di.SSPA |
ARO6 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52’48.72″ N 16°49’43.247” E | Di.SSPA |
ARO7 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’13.47″ N 16°50’23.783” E | Di.SSPA |
ARO8 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’18.816″ N 16°49’33.888” E | Di.SSPA |
ARO9 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54'51.372″ N 16°49'3.504" E | Di.SSPA |
ARO10 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’1.188″ N 16°49’24.311” E | Di.SSPA |
ARO11 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52'49.8″ N 16°49'48.575" E | Di.SSPA |
ARO12 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52’38.892″ N 16°49’28.379” E | Di.SSPA |
ARO13 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’21.768″ N 16°49’29.711” E | Di.SSPA |
TRO1 | Cipolla rossa lunga di Tropea | - | Di.SSPA |
TRO2 | Cipolla rossa tonda di Tropea | - | Di.SSPA |
ZKK-ja | Cipolla ramata di Montoro | - | Di.SSPA |
y Di.SSPA, Departamenti i Shkencave të Tokës, Bimëve dhe Ushqimit, Universiteti i Barit. |
Materiali gjethor i 20 gjenotipeve për popullatë u mor në kampion dhe u ruajt në -80 °C deri në përdorim. Për speciet e pasura me polisakaride, si A. cepa, hapat e parë për heqjen e polisaharidit janë thelbësorë për të marrë ADN me cilësi të mirë, prandaj larjet fillestare në tampon STE (0.25 M saharozë, 0.03 M Tris, 0.05 M EDTA) u kryen siç përshkruhet nga [52]. ADN-ja totale u nxor sipas metodës CTAB [53] dhe në fund u kontrollua për cilësi dhe përqendrim nga spektrofotometra UV-vis Nano Drop 2000 (ThermoScientific, Waltham, MA, USA) dhe elektroforezë me xhel agarozë 0.8%.
Analiza SSR
16 kombinime të primerit EST-SSR të zhvilluara nga [54] dhe testuar më parë në studimet e diversitetit gjenetik nga [43] [44] dhe 21 SSR gjenomike [45-55] u kontrolluan për të vlerësuar përshtatshmërinë e tyre (Tabela Suplementare S4). Gjenotipi u krye duke përdorur metodën ekonomike të etiketimit fluoreshente në të cilën bishti M13 i shtohet çdo primer SSR përpara [56]. Përzierjet PCR u përgatitën në 20 gL reaksion që përmban: 50 ng ADN totale, 0.2 mM përzierje dNTP, 1X bufer reaksioni PCR, 0.8 U ADN polimerazë DreamTaq (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA), 0.16 gM primer të kundërt. , 0.032 gM abetare e përparme e zgjeruar me sekuencën M13 (5'-TGTAAAACGACGGCCAGT-3') dhe 0.08 gM të një primer universal M13 të etiketuar me ngjyra fluoreshente FAM ose NED (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA). Reaksionet PCR u kryen në termociklerin SimpliAmp (Applied Biosystems, CA, USA) me kushtet e mëposhtme për shumicën e çifteve të primerëve: 94 °C për 5 minuta, 40 cikle në 94 °C për 30 s, 58 °C për 45 s dhe 72 °C për 45 s dhe një zgjatim përfundimtar në 72 °C për 5 min. Sa i përket ACM446 dhe ACM449, u aplikua një PCR touchdown me pjekje prej 60 °C deri në 55 °C gjatë 10 cikleve, 30 cikle në 55 °C, e ndjekur nga një zgjatje përfundimtare prej 5 minutash në 72 °C. Produktet PCR u ngarkuan në një pjatë 96 pusesh dhe u përzien me 14 g Hi-Di Formamide (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA) dhe 0.5 gL GeneScan 500 ROX Size Standard (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA). Amplikonët u zgjidhën me anë të makinës së renditjes kapilar ABI PRISM 3100 Avant Genetic Analyzer (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA), ku alelet u vlerësuan si bashkëdominuese dhe u caktuan duke përdorur versionin 3.7 të Softuerit GeneMapper.
Softuerët GenAlEx 6.5 [57] dhe Cervus 3.0.7 [58] u përdorën për të vlerësuar numrin e aleleve (Na), numrin e aleleve efektive (Ne), heterozigozitetin e vëzhguar (Ho), heterozigozitetin e pritur (He), përmbajtjen e informacionit polimorfik (PIC), indeksin e informacionit të Shannon (I) dhe indeksin e fiksimit (Fis ) për çdo vend SSR.
Vlerësimi i Diversitetit Gjenetik
Ndarja hierarkike e variacionit gjenetik midis dhe brenda popullatave të qepëve u vlerësua nga GenAlEx 6.5 [57] përmes analizës së variancës molekulare (AMOVA) me 999 bootstrapping për të testuar për rëndësinë. Për më tepër, softueri GenAlEx 6.5 u përdor për të vlerësuar diversitetin brenda çdo popullate duke llogaritur mesataren e Ho, He dhe Fis mbi të gjitha lokuset SSR.
Struktura e popullsisë u konkludua nga algoritmi i grupimit të bazuar në modelin Bayesian i zbatuar në softuerin STRUCTURE v.2.3.4 [59]. Grupi i të dhënave u ekzekutua me një numër grupimesh hipotetike (K), që varionin nga 1 në 10, duke vendosur dhjetë ekzekutime të pavarura për çdo vlerë K. Për çdo ekzekutim, me synimin për të verifikuar konsistencën e rezultateve, 100,000 periudha fillestare të djegies dhe 100,000 përsëritje Markov Chain Monte Carlo (MCMC) u kryen sipas modelit të përzierjes dhe frekuencave të pavarura të alelit midis popullatave. Vlera më e mundshme K u përcaktua duke zbatuar metodën AK, të përshkruar nga [60], në programin e bazuar në ueb STRUKTURE HARVESTER [61]. Një popullsi individuale iu caktua një grupi specifik kur koeficienti i anëtarësimit të tij (q-vlera) ishte më i lartë se 0.7, përndryshe konsiderohej me prejardhje të përzier.
Analiza kryesore e koordinatave u krye për të vizualizuar modelet e marrëdhënieve gjenetike midis aderimeve të zbuluara nga matrica e distancës gjenetike të Nei-s (Tabela Suplementare S5). Bazuar në frekuencat e aleleve, u ndërtua një dendrogram i distancës gjenetike duke zbatuar metodën e grupit të çiftit të papeshuar me mesataret aritmetike (UPGMA) në softuerin POPTREEW. [62]. Bootstrapping u aplikua për të vlerësuar besimin në grupimin hierarkik, duke vendosur 100 rimostrim të grupit të të dhënave. Më në fund, softueri MEGA X [63] u përdor si softuer për vizatimin e pemëve.
Materialet plotësuese: Në vijim janë në dispozicion në internet http://www.mdpi.com/2223-7747/9/2/260/s1. Tabela S1: Karakterizimi morfologjik i llambave ARO, MCO dhe TRO. Tabela S2: Indekset e heterozigozitetit dhe fiksimit të llogaritura për racat tokësore ARO dhe tokat TRO dhe MCO. Tabela S3: Vlerat në çift të parametrit Fpt. Tabela S4: Lista e SSR-ve të përdorura në studim. Tabela S5. Matrica e popullsisë në çift të distancës gjenetike Nei. Figura S1: Grafiku i linjës i vlerave K që ndryshon me Delta K e Evanno.
Kontributet e autorëve: CL dhe LR konceptuan studimin dhe projektuan eksperimentin; CL dhe PI kryen analizën e shënuesve molekularë; ARM dhe VZ kryen provat në terren; RM, PS, GR dhe CL u përfshinë në analizën e të dhënave; RM dhe CL e kanë shkruar dorëshkrimin. Të gjithë autorët kanë lexuar dhe kanë rënë dakord me versionin e botuar të dorëshkrimit.
financimi: Kjo punë u financua nga projekti rajonal i Pulias "Biodiversiteti i specieve të perimeve puliane" - Programma di Sviluppo Rurale per la Puglia 2014-2020. Misura 10-Sottomisura 10.2; grant CUP H92C15000270002, Itali.
Mirënjohje: Falënderimet i takojnë “Azienda Agricola Iannone Anna” dhe “Associazione produttori della vera cipolla rossa di Acquaviva” për sigurimin e materialeve bimore të përdorura në eksperiment.
Konfliktet e Interesit: Autorët nuk deklarojnë konflikt interesi.
Referencat
- 1. Stearn, WT Sa lloje të Alliumit njihen? Kew Mag. 1992, 9,180-182. [CrossRef]
- 2. FAOSTAT. Baza e të dhënave statistikore të FAO. E disponueshme në internet: http://www.fao.org/2017 (qasur më 8 janar 2019).
- 3. Blloku, E. Kimia e hudhrës dhe qepës. Sci. Jam. 1985, 252,114-119. [CrossRef]
- 4. Lee, B.; Jung, JH; Kim, HS Vlerësimi i qepës së kuqe mbi aktivitetin antioksidues në miu. Kimi ushqimor. Toksikol. 2012, 50, 3912-3919. [CrossRef]
- 5. Lee, SM; Hëna, J.; Chung, JH; Cha, YJ; Shin, MJ Efekti i ekstrakteve të lëvozhgave të qepëve të pasura me kuercetinë në trombozën arteriale te minjtë. Kimi ushqimor. Toksikol. 2013, 57, 99-105. [CrossRef] [PubMed]
- 6. Yoshinari, O.; Shiojima, Y.; Igarashi, K. Efektet kundër obezitetit të ekstraktit të qepës në minjtë yndyrorë diabetikë zucker. Ushqyesve 2012, 4,1518-1526. [CrossRef]
- 7. Akash, MSH; Rehman, K.; Chen, S. Bimë erëz Allium cepa: Suplement dietik për trajtimin e diabetit mellitus të tipit 2. Ushqim 2014, 30,1128-1137. [CrossRef] [PubMed]
- 8. Wang, Y.; Tian, WX; Ma, XF Efektet frenuese të qepës (Allium cepa L.) ekstrakt mbi përhapjen e qelizave kancerogjene dhe adipociteve nëpërmjet frenimit të sintazës së acidit yndyror. Pac aziatike. J. Kanceri Prev. 2012,13, 5573-5579. [CrossRef] [PubMed]
- 9. Lai, WW; Hsu, SC; Chueh, FS; Chen, YY; Yang, JS; Lin, JP; Lien, JC; Tsai, CH; Chung, JG Quercetin pengon migrimin dhe pushtimin e qelizave të kancerit oral të njeriut SAS nëpërmjet frenimit të rrugëve sinjalizuese të NF-kappaB dhe matricës metalloproteinazë-2/-9. Antikancer Res. 2013, 33,1941-1950. [PubMed]
- 10. Nicastro, HL; Ross, SA; Milner, JA Hudhra dhe qepa: Vetitë e tyre për parandalimin e kancerit. Kanceri Prev. Res. 2015, 8,181-189. [CrossRef]
- 11. Forte, L.; Torricelli, P.; Boanini, E.; Gazzano, M.; Rubini, K.; Fini, M.; Bigi, A. Vetitë antioksiduese dhe riparuese të kockave të hidroksiapatitit të funksionalizuar me kuercetinë: Një studim in vitro i bashkëkulturës së qelizave osteoblaste-osteoklaste-endoteliale. Acta Biomater. 2016, 32, 298-308. [CrossRef]
- 12. Yamazaki, Y.; Iwasaki, K.; Mikami, M.; Yagihashi, A. Shpërndarja e njëmbëdhjetë prekursorëve të shijes, derivateve të S-Alk(en)yl-L-cisteinës, në shtatë perime Allium. Ushqimi Sci. Teknol. Res. 2011, 17, 55-62. [CrossRef]
- 13. Block, E. Kimi organosulfurik i gjinisë Allium - Implikime për kiminë organike të squfurit. Angew. Kimik. Int. Ed. Angl. 1992, 31,1135-1178. [CrossRef]
- 14. Griffiths, G.; Trueman, L.; Crowther, T.; Thomas, B.; Smith, B. Qepë-Një përfitim global për shëndetin. Phytother. Res. 2002,16, 603-615. [CrossRef]
- 15. Schwimmer, S.; Weston, WJ Zhvillimi enzimatik i acidit piruvik në qepë si një masë e mprehtësisë. J. Agric. Kimi ushqimor. 1961, 9, 301-304. [CrossRef]
- 16. Ketter, CAT; Randle, WM Vlerësimi i mprehtësisë në qepë. Në Studime të testuara për mësimdhënie laboratorike; Karcher, SJ, Ed.; Association for Biology Laboratory Education (ABLE): New York, NY, USA, 1998; Vëllimi 19, fq 177-196.
- 17. Hanelt, P Taksonomia, evolucioni dhe historia. Në Onions and Allied Crops, Vol. I. Botanikë, Fiziologji dhe Gjenetikë; Rabinowitch, HD, Brewster, JL, Eds.; CRC Press: Boca Raton, FL, SHBA, 1990; fq 1-26.
- 18. Rabinowitch, HD; Currah, L. Allium Crop Science: Përparimet e fundit; CABI Publishing: Wallingford, MB, 2002.
- 19. Mallor, C.; Carravedo, M.; Estopanan, G.; Mallor, F. Karakterizimi i burimeve gjenetike të qepës (Allium cepa L.) nga qendra dytësore spanjolle e diversitetit. Hapësirë. J. Agric. Res. 2011, 9,144-155. [CrossRef]
- 20. Ferioli, F.; D'Antuono, LF Vlerësimi i fenoleve dhe sulfooksideve të cisteinës në germplazmën lokale të qepës dhe qepës nga Italia dhe Ukraina. Genet. Burim. Pritja Evol. 2016, 63, 601-614. [CrossRef]
- 21. Petropoulos, SA; Fernandes, A.; Barros, L.; Ferreira, ICFR; Ntatsi, G. Përshkrimi morfologjik, ushqimor dhe kimik i 'vatikiotiko', një race vendase qepësh nga Greqia. Kimik Ushqimi. 2015,182,156-163. [CrossRef]
- 22. Liguori, L.; Adiletta, G.; Nazzaro, F.; Fratianni, F.; Di Matteo, M.; Albanese, D. Vetitë biokimike, antioksidante dhe aktiviteti antimikrobik i varieteteve të ndryshme të qepëve në zonën e Mesdheut. J. Ushqim Meas. Karakteri. 2019,13,1232-1241. [CrossRef]
- 23. Yoo, KS; Pike, L.; Crosby, K.; Jones, R.; Leskovar, D. Ndryshimet në ashpërsinë e qepës për shkak të kultivarëve, mjedisit të rritjes dhe madhësive të llambave. Shkencë. Hortik. 2006,110,144-149. [CrossRef]
- 24. Bleta, N.; Perner, H.; Schwarz, D.; George, E.; Kroh, LW; Rohn, S. Shpërndarja e kuercetinës-3, 4'-O-diglukozidit, kuercetin-4'-O-monoglukozidit dhe kuercetinës në pjesë të ndryshme të llambës së qepës (Allium cepa L.) të ndikuar nga gjenotipi. Kimik Ushqimi. 2010,122, 566-571. [CrossRef]
- 25. Caruso, G.; Conti, S.; Villari, G.; Borrelli, C.; Melchionna, G.; Minutolo, M.; Russo, G.; Amalfitano, C. Efektet e kohës së transplantimit dhe dendësisë së bimëve në rendimentin, cilësinë dhe përmbajtjen antioksiduese të qepës (Allium cepa L.) në Italinë jugore. Shkencë. Hortik. 2014,166,111-120. [CrossRef]
- 26. Perez-Gregorio, MR; Regueiro, J.; Simal-Gandara, J.; Rodrigues, AS; Almeida, DPF Rritja e vlerës së shtuar të qepëve si burim i flavonoideve antioksidantë: Një përmbledhje kritike. Crit. Rev. Food Sci. Nutr. 2014, 54,1050-1062. [CrossRef] [PubMed]
- 27. Pohnl, T.; Schweiggert, RM; Carle, R. Ndikimi i metodës së kultivimit dhe përzgjedhjes së kultivarit në karbohidratet e tretshme dhe parimet pikante në qepë (Allium cepa L.). J. Agric. Kimi ushqimor. 2018, 66,12827-12835. [CrossRef] [PubMed]
- 28. Tedesco, I.; Karbon, V.; Spagnuolo, C.; Minasi, P.; Russo, GL Identifikimi dhe sasia e flavonoideve nga dy kultivarë italianë jugorë të allium cepa L., Tropea (qepë e kuqe) dhe Montoro (qepë bakri), dhe aftësia e tyre për të mbrojtur eritrocitet e njeriut nga stresi oksidativ. J. Agric. Kimi ushqimor. 2015, 63, 5229-5238. [CrossRef]
- 29. Villano, C.; Esposito, S.; Carucci, F.; Frusciante, L.; Carputo, D.; Aversano, R. Gjenotipizimi me performancë të lartë në qepë zbulon strukturën e diversitetit gjenetik dhe SNP-të informuese të dobishme për mbarështimin molekular. Mol. Raca. 2019, 39, 5. [CrossRef]
- 30. Mercati, F.; Longo, C.; Poma, D.; Araniti, F.; Lupini, A.; Mammano, MM; Fiore, MC; Abenavoli, MR; Sunseri, F Variacion gjenetik i një domateje italiane me jetëgjatësi të gjatë (Solanum lycopersicum L.) mbledhja duke përdorur SSR dhe tiparet morfologjike të frutave. Genet. Burim. Pritja Evol. 2014, 62, 721-732. [CrossRef]
- 31. Gonzalez-Perez, S.; Mallor, C.; Garces-Claver, A.; Merino, F.; Taboada, A.; Rivera, A.; Pomar, F.; Perovic, D.; Silvar, C. Eksplorimi i diversitetit gjenetik dhe tipareve cilësore në një koleksion qepësh (Allium cepa L.) toka nga Spanja veriperëndimore. Gjenetika 2015, 47, 885-900. [CrossRef]
- 32. Lotti, C.; Iovieno, P.; Centomani, I.; Marcotrigiano, AR; Fanelli, V.; Mimiola, G.; Summo, C.; Pavan, S.; Ricciardi, L. Karakterizimi gjenetik, bio-agronomik dhe ushqyes i kale (Brassica oleracea L. var. acefalë) diversiteti në Pulia, Italia Jugore. diversitet 2018,10, 25. [CrossRef]
- 33. Bardaro, N.; Marcotrigiano, AR; Bracuto, V.; Mazzeo, R.; Ricciardi, F.; Lotti, C.; Pavan, S.; Ricciardi, L. Analiza gjenetike e rezistencës ndaj Orobanche crenata (Forsk.) në një bizele (Pisum sativum L.) linja me strigolakton të ulët. J. Pathol bimore. 2016, 98, 671-675.
- 34. Wako, T.; Tsukazaki, H.; Yaguchi, S.; Yamashita, K.; Ito, S.; Shigyo, M. Hartimi i vendndodhjeve sasiore të tipareve për kohën e mbylljes në grumbullimin e qepëve (Allium fistulosum L.). Eufytica 2016, 209, 537-546. [CrossRef]
- 35. Dhaka, N.; Mukhopadhyay, A.; Paritosh, K.; Gupta, V.; Pental, D.; Pradhan, AK Identifikimi i SSR-ve gjenetike dhe ndërtimi i një harte lidhjeje të bazuar në SSR në Brassica juncea. Eufytica 2017, 213, 15. [CrossRef]
- 36. Anandhan, S.; Mote, SR; Gopal, J. Vlerësimi i identitetit të varietetit të qepës duke përdorur shënuesit SSR. Farë Sci. Teknol. 2014, 42, 279-285. [CrossRef]
- 37. Mitrova, K.; Svoboda, P.; Ovesna, J. Përzgjedhja dhe vërtetimi i një grupi shënues për diferencimin e kultivarëve të qepës nga Republika Çeke. çek J. Genet. Raca e bimëve. 2015, 51, 62-67. [CrossRef]
- 38. Di Rienzo, V.; Miazzi, MM; Fanelli, V.; Sabetta, W.; Montemurro, C. Ruajtja dhe karakterizimi i biodiversitetit të germplazmës së ullirit pulian. Acta Hortic. 2018,1199,1-6. [CrossRef]
- 39. Mallor, C.; Arnedo-Andres, A.; Garces-Claver, A. Vlerësimi i diversitetit gjenetik të spanjishtes allium cepa toka për mbarështimin e qepëve duke përdorur shënues mikrosatelitë. Shkencë. Hortik. 2014,170,24-31. [CrossRef]
- 40. Rivera, A.; Mallor, C.; Garces-Claver, A.; Garcia-Ulloa, A.; Pomar, F.; Silvar, C. Vlerësimi i diversitetit gjenetik në qepë (allium cepa L.) racat tokësore nga Spanja veriperëndimore dhe krahasimi me ndryshueshmërinë evropiane. NZJ Crop Hortic. 2016, 44,103-120. [CrossRef]
- 41. De Giovanni, C.; Pavan, S.; Taranto, F.; Di Rienzo, V.; Miazzi, MM; Marcotrigiano, AR; Mangini, G.; Montemurro, C.; Ricciardi, L.; Lotti, C. Variacion gjenetik i një koleksioni global germplazme të qiqrave (Cicer arietinum L.) duke përfshirë aderimet italiane në rrezik të erozionit gjenetik. Fiziol. Mol. Biol. Bimët 2017, 23,197-205. [CrossRef]
- 42. Mazzeo, R.; Morgese, A.; Sonnante, G.; Zuluaga, DL; Pavan, S.; Ricciardi, L.; Lotti, C. Diversiteti gjenetik në rabe brokoli (Brassica rapa L. subsp. sylvestris (L.) Janch.) nga Italia e Jugut. Shkencë. Hortik. 2019, 253,140-146. [CrossRef]
- 43. Jakse, M.; Martin, W.; McCallum, J.; Havey, M. Polimorfizmat e vetme nukleotide, indelet dhe përsëritjet e sekuencave të thjeshta për identifikimin e kultivarit të qepës. J. Am. Soc. Hortik. Shkencë. 2005,130, 912-917. [CrossRef]
- 44. McCallum, J.; Tomson, S.; Pither-Joyce, M.; Kenel, F. Analiza e diversitetit gjenetik dhe zhvillimi i shënuesve të polimorfizmit me një nukleotid në qepën e kultivuar të llambës bazuar në shënuesit e përsëritjes së sekuencës së shprehur të etiketës-sekuencë të thjeshtë. J. Am. Soc. Hortik. Shkencë. 2008,133, 810-818. [CrossRef]
- 45. Baldwin, S.; Pither-Joyce, M.; Wright, K.; Chen, L.; McCallum, J. Zhvillimi i shënuesve të fuqishëm të përsëritjes së sekuencës së thjeshtë gjenomike për vlerësimin e diversitetit gjenetik brenda dhe midis qepës së llambës (Allium cepa L.) popullatat. Mol. Raca. 2012, 30,1401-1411. [CrossRef]
- 46. DeWoody, JA; Honeycutt, RL; Shenjues mikrosatelitor Skow, LC në dreri me bisht të bardhë. J. Hered. 1995, 86, 317-319. [CrossRef] [PubMed]
- 47. Khodadadi, M.; Hassanpanah, D. qepë iraniane (Allium cepa L.) përgjigjet e kultivarëve ndaj depresionit inbreeding. World Appl. Shkencë. J. 2010,11, 426-428.
- 48. Abdou, R.; Bakasso, Y.; Saadou, M.; Baudoin, JP; Hardy, OJ Diversiteti gjenetik i qepëve të Nigerit (Allium cepa L.) e vlerësuar me shënues të thjeshtë të përsëritjes së sekuencës (SSR). Acta Hortic. 2016,1143, 77-90. [CrossRef]
- 49. Pavan, S.; Lotti, C.; Marcotrigiano, AR; Mazzeo, R.; Bardaro, N.; Bracuto, V.; Ricciardi, F.; Taranto, F.; D'Agostino, N.; Schiavulli, A.; et al. Një grup i veçantë gjenetik në qiqrat e kultivuara siç zbulohet nga zbulimi dhe gjenotipizimi i shënuesve në të gjithë gjenomin. Gjenomi i bimëve 2017, 2017,10. [CrossRef]
- 50. Pavan, S.; Marcotrigiano, AR; Ciani, E.; Mazzeo, R.; Zonno, V.; Ruggieri, V.; Lotti, C.; Ricciardi, L. Gjenotipizimi-nga-sekuenca e një pjepri (Cucumis melo L.) mbledhja e germplazmës nga një qendër dytësore e diversitetit nxjerr në pah modelet e variacionit gjenetik dhe tiparet gjenomike të grupeve të ndryshme të gjeneve. BMC Genom. 2017, 18, 59. [CrossRef]
- 51. Di Rienzo, V.; Sion, S.; Taranto, F.; D'Agostino, N.; Montemurro, C.; Fanelli, V.; Sabetta, W.; Boucheffa, S.; Tamendjari, A.; Pasqualone, A.; et al. Rrjedha gjenetike midis popullatës së ullirit brenda pellgut të Mesdheut. Peer J. 2018, 6. [CrossRef]
- 52. Bariu, LD; McLay, TG Dy protokolle në shkallë mikro për izolimin e ADN-së nga indet bimore të pasura me polisaharide. J. Plant Res. 2011,124, 311-314. [CrossRef]
- 53. Doyle, JJ; Doyle, JL Izolimi i ADN-së së bimëve nga indet e freskëta. Fokus 1990,12,13-14.
- 54. Kuhl, JC; Cheung, F.; Qiaoping, Y.; Martin, W.; Zewdie, Y.; McCallum, J.; Catanach, A.; Rutherford, P.; Lavaman, KC; Jenderek, M.; et al. Një grup unik prej 11,008 etiketash të sekuencave të shprehura me qepë zbulon sekuencën e shprehur dhe ndryshimet gjenomike midis rendeve monocot asparagales dhe poales. Qeliza bimore 2004,16, 114-125. [CrossRef]
- 55. Kim, HJ; Lee, HR; Hyun, JY; Kënga, KH; Kim, KH; Kim, JE; Hur, CG; Harn, zhvillimi i shënuesit CH për testimin e pastërtisë gjenetike të qepës duke përdorur SSR Finder. Korean J. Breed. Shkencë. 2012, 44, 421-432. [CrossRef]
- 56. Schuelke, M. Një metodë ekonomike për etiketimin fluoreshente të fragmenteve të PCR. Nat Bioteknol. 2000, 18, 233-234. [CrossRef] [PubMed]
- 57. Peakall, R.; Smouse, PE GenAlEx 6.5: Analiza gjenetike në Excel. Softuer gjenetik i popullsisë për mësimdhënie dhe kërkime: Një përditësim. Bioinformatics 2012, 28, 2537-2539. [CrossRef] [PubMed]
- 58. Kalinowski, ST; Taper, ML; Marshall, TC Rishikimi i mënyrës sesi programi kompjuterik CERVUS përshtat gabimin e gjenotipizimit rrit suksesin në caktimin e atësisë. Mol. Ekol. 2007,16,1099-1106. [CrossRef]
- 59. Pritchard, JK; Stephens, M.; Rosenberg, NA; Donnelly, P. Harta e shoqatës në popullatat e strukturuara. Jam. J. Hum. Genet. 2000, 67, 170-181. [CrossRef]
- 60. Evanno, G.; Regnaut, S.; Goudet, J. Zbulimi i numrit të grupeve të individëve duke përdorur softuerin STRUKTURA: Një studim simulues. Mol. Ekol. 2005,14, 2611-2620. [CrossRef]
- 61. Earl, D.; VonHoldt, B. STRUKTURE HARVESTER: Një faqe interneti dhe program për vizualizimin e prodhimit të STRUCTURE dhe zbatimin e metodës Evanno. Ruaj. Genet. Burim. 2011, 4. [CrossRef]
- 62. Takezaki, N.; Nei, M.; Tamura, K. POPTREEW: Versioni në internet i POPTREE për ndërtimin e pemëve të popullsisë nga të dhënat e frekuencës së alelit dhe llogaritjen e disa sasive të tjera. Mol. Biol. Evol. 2014, 31, 1622-1624. [CrossRef]
- 63. Kumar, S.; Stecher, G.; Li, M.; Knyaz, C.; Tamura, K. MEGA X. Analiza e gjenetikës evolucionare molekulare nëpër platformat kompjuterike. Mol. Biol. Evol. 2018, 35,1547-1549. [CrossRef]